Jump to content
Will.

Folding@home: la Team INpact qui guérit la planète

Recommended Posts

Bonjour,

j'ai récemment essayé de mettre mon core i7 au travail, et j'ai donc installé FaH.

J'ai d'abord testé cette VM de Notfred, mais j'avais un PPD assez bas par rapport à ce qui était annoncé.

J'ai suis donc revenu à un client SMP mpi basique, mais j'enchaine les Early_unit_end et les File_io_error, sans réussir à démarrer un seul calcul.

Ma question est donc : quelle est la meilleure méthode pour plier sur un i7 (hors linux) ?

Share this post


Link to post
Share on other sites

Tu as plusieurs choix ...

- le meilleur et le plus efficace actuellement : linux natif en -smp 8

- deux clients SMP windows (mais sensible, les clients windows SMP aiment pas être arrêtés dans cette configuration)

- virer l'HT et mettre un seul client SMP (windows ou linux ... ou encore régler ses affinités avec l'HT pour que chaque core physique soit utilisé)

- si HT on : 2 VM sur 4 cores ou 4 VM sur 2 cores ... si HT off : 1 VM sur 4 core ou 2 VM sur 2 cores

Pour la solution machines virtuelles, un petit tour sur l'article d'optimisaiton sur FAH-Addict donne quelques astuces (plier avec une VM sur 4 cores (mais il faut une edition Workstation de VMWare) et régler les priorités des VM).

Ne pas oublier les guides d'install officiels : http://folding.stanford.edu/English/Guide

Share this post


Link to post
Share on other sites

Merci toTOW pour ces indications.

Et sinon, pour les erreurs que j'obtiens avec les core SMP sous windows, un idée ? Sinon, je me tournerai vers les VM workstation (4 sur 2 cores).

Share this post


Link to post
Share on other sites
toTOW tu conseilles quoi comme linux pour la VM?

J'aime bien les version Server d'Ubuntu ... c'est plus leger en consommaion de RAM (pas d'interface graphique) et je garde le controle total sur ma VM :francais:

Et sinon, pour les erreurs que j'obtiens avec les core SMP sous windows, un idée ?

Faudrait que tu nous montre le log ...

Share this post


Link to post
Share on other sites

Bonjour,

J'ai un bug un petit peu génant sur mon Linux avec Folding@Home.

Je viens de réinstaller une Arch, et quand je lanse la commande folding@Home, il ne fait plus rien au bout d'un petit moment.

La sortie :

Note: Please read the license agreement (fah6 -license). Further 
use of this software requires that you have read and accepted this agreement.

4 cores detected


--- Opening Log file [July 18 04:11:21 UTC] 


# Linux SMP Console Edition ###################################################
###############################################################################

				   Folding@Home Client Version 6.24R3

					  http://folding.stanford.edu

###############################################################################
###############################################################################

Launch directory: /home/******/lib/fah
Executable: ./fah6
Arguments: -smp 4

[04:11:21] - Ask before connecting: No
[04:11:21] - User name: [PC_INpact]_earendil (Team 51)
[04:11:21] - User ID: 365065657BE6D47
[04:11:21] - Machine ID: 1
[04:11:21]
[04:11:21] Loaded queue successfully.
[04:11:21]
[04:11:21] + Processing work unit
[04:11:21] Core required: FahCore_a2.exe
[04:11:21] Core found.
[04:11:21] Working on queue slot 01 [July 18 04:11:21 UTC]
[04:11:21] + Working ...
[04:11:21]
[04:11:21] *------------------------------*
[04:11:21] Folding@Home Gromacs SMP Core
[04:11:21] Version 2.08 (Mon May 18 14:47:42 PDT 2009)
[04:11:21]
[04:11:21] Preparing to commence simulation
[04:11:21] - Ensuring status. Please wait.
[04:11:22] Called DecompressByteArray: compressed_data_size=4832616 data_size=23977245, decompressed_data_size=23977245 diff=0
[04:11:22] - Digital signature verified
[04:11:22]
[04:11:22] Project: 2669 (Run 16, Clone 145, Gen 166)
[04:11:22]
[04:11:23] Assembly optimizations on if available.
[04:11:23] Entering M.D.
[04:11:32] n 16, Clone 145, Gen 166)
[04:11:32]
[04:11:32] Entering M.D.
NNODES=4, MYRANK=1, HOSTNAME=******
NNODES=4, MYRANK=2, HOSTNAME=******
NNODES=4, MYRANK=3, HOSTNAME=******
NNODES=4, MYRANK=0, HOSTNAME=******

Je n'ai aucun fchier unitinfo.txt qui apparait dans le répertoire non plus,..

Comme info supplémentaire, je peux vous mettre ça :

Linux ****** 2.6.30-ARCH #1 SMP PREEMPT Sat Jul 4 02:24:43 CEST 2009 x86_64 Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q6600 @ 2.40GHz GenuineIntel GNU/Linux

et le contenu du répertoir d'éxecution

drwxr-x--- 2 ****** users 4,0K juil. 18 06:14 work/
-rw-r--r-- 1 ****** users  17K juil. 18 06:14 FAHlog.txt
-rwxr-x--- 1 ****** users 4,2M juil. 18 05:51 FahCore_a2.exe*
-rw-r--r-- 1 ****** users 5,2K juil. 18 05:51 MyFolding.html
-rwxr-x--- 1 ****** users  216 juil. 18 05:50 client.cfg*
-rwxr--r-- 1 ****** users 1,1M juil. 18 06:05 fah6*
-rw-r--r-- 1 ****** users	8 juil. 18 05:51 machinedependent.dat
-rwx------ 1 ****** users  67K juil. 16  2007 mpiexec*
-rw-r--r-- 1 ****** users 7,0K juil. 18 05:51 queue.dat

Share this post


Link to post
Share on other sites
Et sinon, pour les erreurs que j'obtiens avec les core SMP sous windows, un idée ?

Faudrait que tu nous montre le log ...

J'obtiens ça, en boucle :

[09:33:46] Project: 2665 (Run 0, Clone 773, Gen 146)
[09:33:46] 
[09:33:47] Entering M.D.
[09:33:58] done.
[09:33:58] logfile size: 0
[09:33:58] Warning: Core could not open logfile.
[09:33:58] - Writing 536 bytes of core data to disk...
[09:33:58]   ... Done.
[09:33:58] - Failed to delete work/wudata_No C.P.- Failed to delete work/wudata_01.bed
[09:33:58] - Failed to delete work/wudata_01.pdo
[09:33:58] Warning:  check for stray files
[09:33:58] ata_01.pdo
[09:33:58] Warning:  check for stray files
[09:33:58]  files
[09:33:59] g@home Core Shutdown: EARLY_UNIT_END
[09:33:59] Finalizing output
[09:35:58] output
[09:36:02] CoreStatus = C0000005 (-1073741819)
[09:36:02] Client-core communications error: ERROR 0xc0000005
[09:36:02] Deleting current work unit & continuing...
[09:36:22] - Preparing to get new work unit...
[09:36:22] Cleaning up work directory
[09:36:25] + Attempting to get work packet
[09:36:25] - Connecting to assignment server
[09:36:26] - Successful: assigned to (171.64.65.64).
[09:36:26] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[09:36:27] Loaded queue successfully.
[09:36:56] + Closed connections
[09:37:01] 
[09:37:01] + Processing work unit
[09:37:01] Work type a1 not eligible for variable processors
[09:37:01] Core required: FahCore_a1.exe
[09:37:01] Core found.
[09:37:01] Using generic mpiexec calls
[09:37:01] Working on queue slot 02 [July 18 09:37:01 UTC]
[09:37:01] + Working ...
[09:37:01] 
[09:37:01] *------------------------------*
[09:37:01] Folding@Home Gromacs SMP Core
[09:37:01] Version 1.74 (March 10, 2007)
[09:37:01] 
[09:37:01] Preparing to commence simulation
[09:37:01] - Ensuring status. Please wait.
[09:37:18] - Looking at optimizations...
[09:37:18] - Working with standard loops on this execution.
[09:37:18] - Previous termination of core was improper.
[09:37:18] - Going to use standard loops.
[09:37:18] - Files status OK
[09:37:23] Starting from initial work pa- Starting from initial work packet
[09:37:23] 
[09:37:23] Project: 2665 (Run 0, Clone 773, Gen 146)
[09:37:23] 
[09:37:23] 5 (Run 0, Clone 773, Gen 146)
[09:37:23] 
[09:37:26] Entering M.D.
[09:37:37] .
[09:37:37] Going to send back what have done.
[09:37:37] logfile size: 0
[09:37:37] Warning: Core could not open loWarnin
[09:37:37] - Writing 5d   ... Done.
[09:37:37] - Failed to delete work/wudata_02.dyn
[09:37:37] - Failed to delete work/wudata_- Faile- Failed to delete work/wudata_02.xvg
[09:37:37] Warning:  check for stray
[09:37:37] Folding@home Core Shutdown: EARLY_UNIT_END
[09:37:37] Finalizing output
[09:39:37] output
[09:39:37] T_END
[09:39:37] Finalizing output
[09:39:39] CoreStatus = C0000005 (-1073741819)
[09:39:39] Client-core communications error: ERROR 0xc0000005
[09:39:39] Too many errors during run. Purging queue.

Share this post


Link to post
Share on other sites

Dedrak> pour être sur que le problème ne vient pas de la WU, efface le dossier /work et le fichier queue.dat ... si le problème persite, on cherchera plus loin.

earendil_fr> est-ce que tu voies les cores tourner dans un "top" ? Si c'est pas le cas, il faut que tu vérifie que dans ton fichier hosts, tu as bien le nom du système associé associé au localhost (127.0.0.1). (j'ai pas de Linux sous la main pour te montrer un exemple).

J'ai relu le premier post, [inpact] suffit comme tag pour le pseudo ... je suis pas sur que [PC_INpact] soit pris en compte par JGP dans ses stats ... mais tu peux toujours lui demander de t'associer manuellement à la mini-team ici : http://folding.mesdiscussions.net/foldingh...t-sujet_1_1.htm

Share this post


Link to post
Share on other sites
earendil_fr> est-ce que tu voies les cores tourner dans un "top" ? Si c'est pas le cas, il faut que tu vérifie que dans ton fichier hosts, tu as bien le nom du système associé associé au localhost (127.0.0.1). (j'ai pas de Linux sous la main pour te montrer un exemple).

J'ai relu le premier post, [inpact] suffit comme tag pour le pseudo ... je suis pas sur que [PC_INpact] soit pris en compte par JGP dans ses stats ... mais tu peux toujours lui demander de t'associer manuellement à la mini-team ici : http://folding.mesdiscussions.net/foldingh...t-sujet_1_1.htm

Bien vu pour le problème : il n'y avait pas le nom de la machine dans le fichier hosts...

Merci (je vais pouvoir plier un peu) :mdr:

Share this post


Link to post
Share on other sites
Nouveau type de WUs "BigAdv" et système de points bonus associé à ces projets. Lire la news.

Je suis passé sous linux pour plier (ça marche, et c'est plus efficace), et j'ai essayé de remplacer mon fichier fah6 par celui nécessaire pour plier ces Bigadv.

Le problème,c 'est que quand j'essaye de lancer fah comme d'habitude, j'ai le message "permission non accordée", et en sudo j'ai "sudo: ./fah6: command not found".

Une idée ?

PS : pour mes soucis sous windows avec le client smp, j'ai effacé le dossier work et le fichier queue.dat, mais le problème persiste

Share this post


Link to post
Share on other sites

Tu as une machine qui correspond aux critères pour plier ces WU :devil:

Sinon sous linux, quand un programme ne veut pas se lancer, un coup de "chmod +x nomdufichier" résoud souvent pas mal de choses :D

Share this post


Link to post
Share on other sites
Tu as une machine qui correspond aux critères pour plier ces WU :devil:

Sinon sous linux, quand un programme ne veut pas se lancer, un coup de "chmod +x nomdufichier" résoud souvent pas mal de choses :D

J'ai un core i7. Ils disent préférer 8 coeurs physiques, mais que ça devrait pouvoir marcher si l'HT est activé, alors je vais essayer ces WU.

J'ai testé le chmod, ça marche, merci beaucoup !

Share this post


Link to post
Share on other sites

L'i7 n'est pas recommandé ... mais tu peux toujours essayer s'il est suffisament overclocké et pas trop utilisé ... pour info un 920 ou un 940 @ stock ne suffit pas.

Tiens nous au courant, ca peut être intéressant comme expérience :francais:

Share this post


Link to post
Share on other sites
L'i7 n'est pas recommandé ... mais tu peux toujours essayer s'il est suffisament overclocké et pas trop utilisé ... pour info un 920 ou un 940 @ stock ne suffit pas.

Tiens nous au courant, ca peut être intéressant comme expérience :transpi:

Oui, j'ai vu que c'était pas du tout intéressant avec un i7. 8 coeurs virtuels ne font pas 8 coeurs physiques.

Je vais essayer pendant 24h, si je vois que je ne tiendrai pas les délais, je laisserai tomber.

PS : ça tourne depuis 30 minutes, et je n'ai même pas passé le premier % de calcul. Je sens que je vais écourter l'expérience :francais:

Edit : une heure pour faire 1 %, ça va être chaud pour tenir les délais !

Share this post


Link to post
Share on other sites

Ca fait plus que les 3 jours recommandés :roule:

Pour quelle fréquence ?

Share this post


Link to post
Share on other sites
Ca fait plus que les 3 jours recommandés :cartonrouge:

Pour quelle fréquence ?

Je suis à la fréquence de base, FaH fait sacrément chauffer le processeur, mais l'objectif est de finir avant la deadline, qui est à 4 jours de calcul. Pour le moment, je tiens les délais.

Je verrai où j'en suis ce soir, et j'aviserai, mais je pense que c'est jouable.

Share this post


Link to post
Share on other sites

Bonjour à tous,

J'ai passé une annonce sur le site de L'Alliance Francophone dont vous faites partie pour informer de la création d'un blog, son objectif, ce qu'il fera, ne fera pas, etc., tout en soulignant bien que l'objectif principal est de sensibiliser davantage de personnes au projet humanitaire auquel nous avons souscrit., d'où le style de la page d'accueil du blog.

Toutes les teams de l'AF sont invitées à présenter leur propre équipe, en quelques mots ou en de plus nombreux :fumer: avec les liens qu'elles souhaitent, images, etc... Les équipes qui visitent le forum de l'AF ou dont les membres y participent régulièrement ont été promptes à réagir et je ne les remercierai jamais assez.

Je compte sincèrement sur votre participation et vous en remercie.

Share this post


Link to post
Share on other sites

J'ai fini de plier une WU "BigAdv".

J'ai eu droi tà ce message au final : "Unit 1 finished with 40 percent of time to deadline remaining, [04:27:11] Updated performance fraction: 0.400253"

Pour info, une deadline placée 4 jours parès le téléchargement, j'ai mis 3 jours et 14 h avec un i7 @ stock.

Reste à voir si j'aurai droit à un bonus, qui pourrait rendre ça un peu plus intéressant (ça implique quand même de ne lancer aucune application utilisant le processeur pendant plus de 3 jours, donc aucun jeu ou autre, juste des vidéos)

Share this post


Link to post
Share on other sites

C'est pour ca que les i7 ne sont pas conseillé pour les BigAdv ... :francais:

Share this post


Link to post
Share on other sites

Bonjour,

J'ai fait un petit point sur la liste des équipes ayant déjà rédigé leur présentation pour le blog. Et quelle ne fut ma surprise de voir que vous n'y figurez pas encore :D

C'est pourtant très simple, voyez ce que les autres ont rédigé !

Je compte sur votre participation.

Cobra - Le blog

Share this post


Link to post
Share on other sites

Salut les gars,

Prenez un petit temps pour la lecture du bilan de l'activité du mois d'août, vous verrez que le blog spécial folding s'est bien enrichi en articles mais aussi en rubriques et réorganisation.

J'ai de nombreux retours qualifiant désormais ce blog de référence francophone dans le domaine du projet Folding@home. Il suffit de le parcourir pour s'en convaincre. Et j'espère bien ne pas en rester là.

Je rappelle le topic que j'ai ouvert sur le site de l'Alliance Francophone pour recueillir les suggestions.

Bonne continuation à vous :francais:

Cobra - Le blog

Share this post


Link to post
Share on other sites

Salut Aoren,

Attends que je vérifie... eh non, je ne me suis pas trompé, je suis bien sur le topic du projet Folding@home ;) et ma communication s'adresse à votre communauté de plieurs présents sur cette liste mais aussi à tout autre personne sensible au projet et qui souhaiterait rejoindre votre propre équipe. Et c'est également en ce sens que j'ai écrit mon premier post qui invitait un membre de votre équipe à venir la présenter, comme d'autres ont déjà commencé à le faire dont voici un exemple, OverClocking-Masters.com ou un autre beaucoup plus simple, compte toTOW mais tout aussi parlant et explicite.

Alors, si pub il y a, c'est pour la vôtre. Mais ce blog est avant tout pour apporter de l'aide aux plieurs francophones, tous les liens y sont centralisés, les tutos correspondants sont mis à jour en permanence, une FAQ apporte les réponses aux questions que se posent sans cesse les plieurs. Et tout cela en Français.

Je précise que je tiens ce blog gratuit sans aucune pub sur laquelle cliquer et qui ne me rapporte rien financièrement parlant, sinon le plaisir de partager ce que j'ai appris et que je pratique tous les jours, dans le seul but de croire que ma modeste contribution pourra un jour permettre de déboucher sur des remèdes aux maladies qui nous menacent tous, telles Alzheimer, Parkinson, Creutzfeldt-Jakob, Huntington, certaines formes de cancer...

J'espère t'avoir rassuré, tu peux donc venir te balader sur le blog en toute tranquilité ;)

Cobra - Le Blog

Share this post


Link to post
Share on other sites

Ah bon, on m'aurait menti sur la référence francophone, c'est pas FAH-Addict ? :francais:

Share this post


Link to post
Share on other sites

Please sign in to comment

You will be able to leave a comment after signing in



Sign In Now

×
×
  • Create New...