en fait si tu es en UEFI, c'est normal. si tu clones tes disques, ils vont se retrouver avec les même GUID (à moins que ton logiciel ne change les GUID mais le problème sera le même) et du coup, dans la partition EFI qui sert de boot, il est renseigné le GUID sur lequel booter. si tu laisse les deux disques branchés, c'est l'UEFI qui va prendre le premier GUID correspondant et apparement, il prend celui de l'ancien disque. si les GUID ont été modifié, c'est encore plus simple: il va prendre le seul GUID correspondant, celui de l'ancien disque.
Pour modifier les options de boot, il existe des logiciels, mais honnêtement c'est chiant et tu as une chance sur deux de péter ton boot.
Il vaut mieux faire une sauvegarde de ses paramètres, voir de son profil utilisateur, et réinstaller un Windows propre en branchant que le nouveau disque -tu pourra remettre l'ancien une fois l'installation faite), tu auras moins de problèmes.