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~~## Le Topic de Didi, Kiki, Mimi et Phiphi ##~~


Mikeizbak

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j'ai pas suivi : c'est le bore qui coordine le calcium ?

parce que c'est pas gros donc ça serait pas étonnant..

d'ailleurs ça serait pas 8 la coordinence du calcium dans le fuorine ?

On osait pas le souffler avec phiphi, mais cela nous semblait assez evident....

m enfin, nous on est des amateurs....

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c'était avec de l'oxygène que j'étais à 7 (dans mes hybrides organiques-inorganiques)

au fait, tu as dit que Carine connaissait pas le groupe d'espace mais tu as essayé avec diamond ? on sait jamais...

tu as bien les positions atomiques et le groupe d'espace ?

groupe d'espace p nca

maille orthorhombique : a=6.205 b=11.586 c=4.275

ca : 0.25 0 0.2723

b 0.1255 0.1925 0.8293

o 0.0907 0.0863 0.7294

o 0.1488 0.2078 0.1530

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ca fait une coordinence 8... ca existe ça ?

bien sur...

on trouve la coordinence 5, 7, 8, 9, 10, jusqu'à 15 parfois...

les plus répandues vont de 4 à 9... ça dépend des éléments impliqués...

pour le bore, c'est différent, il y'a formation à priori d'un ion complexe hmmm (BO3)3- c'est un borate...

là tu as B2O4... c'est une metaborate ça peut vouloir dire deux triangles BO3 associés par une arête... mais toujours coordinence 3 (j'attendrai plutôt un truc comme ça perso...) et un ion (BO4)2-...

cela dit on trouve aussi la formulation Ca(BO2)2

qui suggère pourquoi pas (O=B-O)-

dans tous les cas c'est des liasons covalentes et les charges proviennent des électrons de l'oxygène non engagés dans des liaisons, cf le groupement BO2 hypothétique...

bien sur je connais pas la solution, j'essaye juste de te donner des pistes :chinois:

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j'osais pas parler des sels de fullérenes que mon groupe fait mais dans ceux au calcium c'est vrai que la coordinence est tèrs elevée vu que le calcium se loge dans les expaces vides (j'ai perdu le mot adéquat) laissés par les boules de fullérènes. ça fait donc des coordinences (d'atomes de carbone) de ouf.. mais bon, c'est un cas extrème

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bon, ça marche avec Diamond, il connait le groupe d'espace (6002 soit dit en passant)

General 
 
 
Phase data 
 
Space-group P n c a (60) - orthorhombic 
Cell a=6.2050 Å b=11.5860 Å c=4.2750 Å
a/b=0.5356 b/c=2.7102 c/a=0.6890 
V=307.33 Å3 
 
Atomic parameters 
 
Atom Ox. Wyck. Site S.O.F. x/a y/b z/c U [Å2] 
Ca1   ?    0.25000 0.00000 0.27230   
B1   ?    0.12550 0.19250 0.82930   
O1   ?    0.09070 0.08630 0.72940   
O2   ?    0.14880 0.20780 0.15300  


Les atomes présents dans un maille :

Ca1	x, y, z  0.25000  0.00000  0.27230
Ca1	x, 1+y, z  0.25000  1.00000  0.27230
Ca1	0.5+x, 0.5-y, 0.5-z  0.75000  0.50000  0.22770
Ca1	1-x, -y, 1-z  0.75000  0.00000  0.72770
Ca1	1-x, 1-y, 1-z  0.75000  1.00000  0.72770
Ca1	0.5-x, 0.5+y, 0.5+z  0.25000  0.50000  0.77230
B1	x, y, z  0.12549  0.19250  0.82930
B1	0.5-x, 1-y, z  0.37451  0.80750  0.82930
B1	0.5+x, 0.5-y, 1.5-z  0.62549  0.30750  0.67070
B1	1-x, 0.5+y, 1.5-z  0.87451  0.69250  0.67070
B1	1-x, 1-y, 1-z  0.87451  0.80750  0.17070
B1	0.5+x, y, 1-z  0.62549  0.19250  0.17070
B1	0.5-x, 0.5+y, -0.5+z  0.37451  0.69250  0.32930
B1	x, 0.5-y, -0.5+z  0.12549  0.30750  0.32930
O1	x, y, z  0.09070  0.08630  0.72940
O1	0.5-x, 1-y, z  0.40930  0.91370  0.72940
O1	0.5+x, 0.5-y, 1.5-z  0.59070  0.41370  0.77060
O1	1-x, 0.5+y, 1.5-z  0.90930  0.58630  0.77060
O1	1-x, 1-y, 1-z  0.90930  0.91370  0.27060
O1	0.5+x, y, 1-z  0.59070  0.08630  0.27060
O1	0.5-x, 0.5+y, -0.5+z  0.40930  0.58630  0.22940
O1	x, 0.5-y, -0.5+z  0.09070  0.41370  0.22940
O2	x, y, z  0.14880  0.20782  0.15300
O2	0.5-x, 1-y, z  0.35120  0.79218  0.15300
O2	0.5+x, 0.5-y, 0.5-z  0.64880  0.29218  0.34700
O2	1-x, 0.5+y, 0.5-z  0.85120  0.70782  0.34700
O2	1-x, 1-y, 1-z  0.85120  0.79218  0.84700
O2	0.5+x, y, 1-z  0.64880  0.20782  0.84700
O2	0.5-x, 0.5+y, 0.5+z  0.35120  0.70782  0.65300
O2	x, 0.5-y, 0.5+z  0.14880  0.29218  0.65300


Les distances interatomiques (en vrac) dans un maille :

Ca1	O1	2x	2.3386
Ca1	O1	2x	2.4073
B1	O1	1x	1.3202
B1	O2	1x	1.3868
B1	O2	1x	1.4026
O1	B1	1x	1.3202
O1	O2	1x	2.3218
O1	Ca1	1x	2.3386
O1	Ca1	1x	2.4073
O1	O2	1x	2.4347
O2	B1	1x	1.3868
O2	B1	1x	1.4026
O2	O1	1x	2.3218
O2	O2	2x	2.3506
O2	O1	1x	2.4347

si tu veux les angles...

(au fait ces :yes: ont bloqué la fonction envoyer un e-mail qui avant permettait de sauver avec la version de demo :/)

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de rien

le bore en corrdinence 3

mais le calcium en 8 ! comme ce que tu avais trouvé avant (dans la liste des liaisons, c'est dans le desordre)

et la liste des positions atomiques de tous les atomes avec cette "supercell" :

No.	Atom	Symmetry	xc	yc	zc
13	Ca1	x, y, z  0.25000  0.00000  0.27230
14	Ca1	x, 1+y, z  0.25000  1.00000  0.27230
15	Ca1	0.5+x, 0.5-y, 0.5-z  0.75000  0.50000  0.22770
16	Ca1	1-x, -y, 1-z  0.75000  0.00000  0.72770
17	Ca1	1-x, 1-y, 1-z  0.75000  1.00000  0.72770
18	Ca1	0.5-x, 0.5+y, 0.5+z  0.25000  0.50000  0.77230
19	B1	x, y, z  0.12549  0.19250  0.82930
20	B1	0.5-x, 1-y, z  0.37451  0.80750  0.82930
21	B1	0.5+x, 0.5-y, 1.5-z  0.62549  0.30750  0.67070
22	B1	1-x, 0.5+y, 1.5-z  0.87451  0.69250  0.67070
23	B1	1-x, 1-y, 1-z  0.87451  0.80750  0.17070
24	B1	0.5+x, y, 1-z  0.62549  0.19250  0.17070
25	B1	0.5-x, 0.5+y, -0.5+z  0.37451  0.69250  0.32930
26	B1	x, 0.5-y, -0.5+z  0.12549  0.30750  0.32930
27	O1	x, y, z  0.09070  0.08630  0.72940
28	O1	0.5-x, 1-y, z  0.40930  0.91370  0.72940
29	O1	0.5+x, 0.5-y, 1.5-z  0.59070  0.41370  0.77060
30	O1	1-x, 0.5+y, 1.5-z  0.90930  0.58630  0.77060
31	O1	1-x, 1-y, 1-z  0.90930  0.91370  0.27060
32	O1	0.5+x, y, 1-z  0.59070  0.08630  0.27060
33	O1	0.5-x, 0.5+y, -0.5+z  0.40930  0.58630  0.22940
34	O1	x, 0.5-y, -0.5+z  0.09070  0.41370  0.22940
35	O2	x, y, z  0.14880  0.20782  0.15300
36	O2	0.5-x, 1-y, z  0.35120  0.79218  0.15300
37	O2	0.5+x, 0.5-y, 0.5-z  0.64880  0.29218  0.34700
38	O2	1-x, 0.5+y, 0.5-z  0.85120  0.70782  0.34700
39	O2	1-x, 1-y, 1-z  0.85120  0.79218  0.84700
40	O2	0.5+x, y, 1-z  0.64880  0.20782  0.84700
41	O2	0.5-x, 0.5+y, 0.5+z  0.35120  0.70782  0.65300
42	O2	x, 0.5-y, 0.5+z  0.14880  0.29218  0.65300
43	O1	-x, 0.5+y, 1.5-z	-0.09070  0.58630  0.77060
44	O1	0.5-x, 0.5+y, 0.5+z  0.40930  0.58630  1.22940
45	O1	x, 0.5-y, 0.5+z  0.09070  0.41370  1.22940
46	Ca1	-1+x, -1+y, z	-0.75000	-1.00000  0.27230
47	Ca1	x, -1+y, z  0.25000	-1.00000  0.27230
48	Ca1	-1+x, y, z	-0.75000  0.00000  0.27230
49	Ca1	-1+x, 1+y, z	-0.75000  1.00000  0.27230
50	Ca1	-0.5+x, -0.5-y, 0.5-z	-0.25000	-0.50000  0.22770
51	Ca1	0.5+x, -0.5-y, 0.5-z  0.75000	-0.50000  0.22770
52	Ca1	-0.5+x, 0.5-y, 0.5-z	-0.25000  0.50000  0.22770
53	Ca1	-x, -1-y, 1-z	-0.25000	-1.00000  0.72770
54	Ca1	1-x, -1-y, 1-z  0.75000	-1.00000  0.72770
55	Ca1	-x, -y, 1-z	-0.25000  0.00000  0.72770
56	Ca1	-x, 1-y, 1-z	-0.25000  1.00000  0.72770
57	Ca1	-0.5-x, -0.5+y, 0.5+z	-0.75000	-0.50000  0.77230
58	Ca1	0.5-x, -0.5+y, 0.5+z  0.25000	-0.50000  0.77230
59	Ca1	-0.5-x, 0.5+y, 0.5+z	-0.75000  0.50000  0.77230
60	B1	-1+x, -1+y, z	-0.87451	-0.80750  0.82930
61	B1	x, -1+y, z  0.12549	-0.80750  0.82930
62	B1	-1+x, y, z	-0.87451  0.19250  0.82930
63	B1	-0.5-x, -y, z	-0.62549	-0.19250  0.82930
64	B1	0.5-x, -y, z  0.37451	-0.19250  0.82930
65	B1	-0.5-x, 1-y, z	-0.62549  0.80750  0.82930
66	B1	-0.5+x, -0.5-y, 1.5-z	-0.37451	-0.69250  0.67070
67	B1	0.5+x, -0.5-y, 1.5-z  0.62549	-0.69250  0.67070
68	B1	-0.5+x, 0.5-y, 1.5-z	-0.37451  0.30750  0.67070
69	B1	-x, -0.5+y, 1.5-z	-0.12549	-0.30750  0.67070
70	B1	1-x, -0.5+y, 1.5-z  0.87451	-0.30750  0.67070
71	B1	-x, 0.5+y, 1.5-z	-0.12549  0.69250  0.67070
72	B1	-x, -y, 1-z	-0.12549	-0.19250  0.17070
73	B1	1-x, -y, 1-z  0.87451	-0.19250  0.17070
74	B1	-x, 1-y, 1-z	-0.12549  0.80750  0.17070
75	B1	-0.5+x, -1+y, 1-z	-0.37451	-0.80750  0.17070
76	B1	0.5+x, -1+y, 1-z  0.62549	-0.80750  0.17070
77	B1	-0.5+x, y, 1-z	-0.37451  0.19250  0.17070
78	B1	-0.5-x, -0.5+y, -0.5+z	-0.62549	-0.30750  0.32930
79	B1	0.5-x, -0.5+y, -0.5+z  0.37451	-0.30750  0.32930
80	B1	-0.5-x, 0.5+y, -0.5+z	-0.62549  0.69250  0.32930
81	B1	-1+x, -0.5-y, -0.5+z	-0.87451	-0.69250  0.32930
82	B1	x, -0.5-y, -0.5+z  0.12549	-0.69250  0.32930
83	B1	-1+x, 0.5-y, -0.5+z	-0.87451  0.30750  0.32930
84	O1	-1+x, -1+y, z	-0.90930	-0.91370  0.72940
85	O1	x, -1+y, z  0.09070	-0.91370  0.72940
86	O1	-1+x, y, z	-0.90930  0.08630  0.72940
87	O1	-0.5-x, -y, z	-0.59070	-0.08630  0.72940
88	O1	0.5-x, -y, z  0.40930	-0.08630  0.72940
89	O1	-0.5-x, 1-y, z	-0.59070  0.91370  0.72940
90	O1	-0.5+x, -0.5-y, 1.5-z	-0.40930	-0.58630  0.77060
91	O1	0.5+x, -0.5-y, 1.5-z  0.59070	-0.58630  0.77060
92	O1	-0.5+x, 0.5-y, 1.5-z	-0.40930  0.41370  0.77060
93	O1	-x, -0.5+y, 1.5-z	-0.09070	-0.41370  0.77060
94	O1	1-x, -0.5+y, 1.5-z  0.90930	-0.41370  0.77060
95	O1	-x, -y, 1-z	-0.09070	-0.08630  0.27060
96	O1	1-x, -y, 1-z  0.90930	-0.08630  0.27060
97	O1	-x, 1-y, 1-z	-0.09070  0.91370  0.27060
98	O1	-0.5+x, -1+y, 1-z	-0.40930	-0.91370  0.27060
99	O1	0.5+x, -1+y, 1-z  0.59070	-0.91370  0.27060
100	O1	-0.5+x, y, 1-z	-0.40930  0.08630  0.27060
101	O1	-0.5-x, -0.5+y, -0.5+z	-0.59070	-0.41370  0.22940
102	O1	0.5-x, -0.5+y, -0.5+z  0.40930	-0.41370  0.22940
103	O1	-0.5-x, 0.5+y, -0.5+z	-0.59070  0.58630  0.22940
104	O1	-1+x, -0.5-y, -0.5+z	-0.90930	-0.58630  0.22940
105	O1	x, -0.5-y, -0.5+z  0.09070	-0.58630  0.22940
106	O1	-1+x, 0.5-y, -0.5+z	-0.90930  0.41370  0.22940
107	O2	-1+x, -1+y, z	-0.85120	-0.79218  0.15300
108	O2	x, -1+y, z  0.14880	-0.79218  0.15300
109	O2	-1+x, y, z	-0.85120  0.20782  0.15300
110	O2	-0.5-x, -y, z	-0.64880	-0.20782  0.15300
111	O2	0.5-x, -y, z  0.35120	-0.20782  0.15300
112	O2	-0.5-x, 1-y, z	-0.64880  0.79218  0.15300
113	O2	-0.5+x, -0.5-y, 0.5-z	-0.35120	-0.70782  0.34700
114	O2	0.5+x, -0.5-y, 0.5-z  0.64880	-0.70782  0.34700
115	O2	-0.5+x, 0.5-y, 0.5-z	-0.35120  0.29218  0.34700
116	O2	-x, -0.5+y, 0.5-z	-0.14880	-0.29218  0.34700
117	O2	1-x, -0.5+y, 0.5-z  0.85120	-0.29218  0.34700
118	O2	-x, 0.5+y, 0.5-z	-0.14880  0.70782  0.34700
119	O2	-x, -y, 1-z	-0.14880	-0.20782  0.84700
120	O2	1-x, -y, 1-z  0.85120	-0.20782  0.84700
121	O2	-x, 1-y, 1-z	-0.14880  0.79218  0.84700
122	O2	-0.5+x, -1+y, 1-z	-0.35120	-0.79218  0.84700
123	O2	0.5+x, -1+y, 1-z  0.64880	-0.79218  0.84700
124	O2	-0.5+x, y, 1-z	-0.35120  0.20782  0.84700
125	O2	-0.5-x, -0.5+y, 0.5+z	-0.64880	-0.29218  0.65300
126	O2	0.5-x, -0.5+y, 0.5+z  0.35120	-0.29218  0.65300
127	O2	-0.5-x, 0.5+y, 0.5+z	-0.64880  0.70782  0.65300
128	O2	-1+x, -0.5-y, 0.5+z	-0.85120	-0.70782  0.65300
129	O2	x, -0.5-y, 0.5+z  0.14880	-0.70782  0.65300
130	O2	-1+x, 0.5-y, 0.5+z	-0.85120  0.29218  0.65300

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Neo : j'ai repris la même vue que toi je pense : vue selon c, en double maille selon a et b

c'est ressemblant :D

ouaip ! (moi b va vers le bas...)

sauf que moi, c'est fait avec un pti soft codé par marie et qui n'a pas besoin du groupe d'espace pour tracer...car je n'avais pas le groupe d'espace au départ...

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bon, ça marche avec Diamond, il connait le groupe d'espace (6002 soit dit en passant)

Les distances interatomiques (en vrac) dans un maille :

Ca1	O1	2x	2.3386
Ca1	O1	2x	2.4073
B1	O1	1x	1.3202
B1	O2	1x	1.3868
B1	O2	1x	1.4026
O1	B1	1x	1.3202
O1	O2	1x	2.3218
O1	Ca1	1x	2.3386
O1	Ca1	1x	2.4073
O1	O2	1x	2.4347
O2	B1	1x	1.3868
O2	B1	1x	1.4026
O2	O1	1x	2.3218
O2	O2	2x	2.3506
O2	O1	1x	2.4347

Ca1 O1 2x 2.3386

Ca1 O1 2x 2.4073

ca fait que 4 :D je comprend pas...

d'après ce truc, ca fait 4

sur ta figure, je vois 6

et les calculs disent 8...

vite, une corde !!!!

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j'ai précisé en vrac parce que fallait descendre un peu plus bas :D

en prenant un polèdre de coordination de Ca : voilà toutes les distances :(ne pas tenir compte des fioriture.. pas le temps de nettoyer)

37 Ca1 1556051 O1 355501 1 2.339

38 Ca1 1556051 O1 345502 1 2.339

39 Ca1 1556051 O1 355605 1 2.407

40 Ca1 1556051 O1 355705 1 2.714

41 Ca1 1556051 O1 345606 1 2.407

42 Ca1 1556051 O1 345706 1 2.714

43 Ca1 1556051 O2 455605 1 2.540

44 Ca1 1556051 O2 445606 1 2.540

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et donc ce sont des triangles de bore connectés par une arête :transpi:

par contre la coordinence de l'oxygène :zarb: pas d'accord scara

je trouve (en regardant le dessin de neo qui me parait valide :ouioui: )

3 pour un oxygène lié à 2 Ca et 1 B

2 pour un oxygène lié à 2 B (celui qui forme l'arête commune des deux triangles :roll: )

et si je regarde ta liste

O1 B1 1x 1.3202

O1 Ca1 1x 2.3386

O1 Ca1 1x 2.4073

O2 B1 1x 1.3868

O2 B1 1x 1.4026

je confirme :transpi:

par ailleurs la valence électrostatique est compatible avec ces coordinences pour l'oxygène :non:

et le Bore en environnement triangle, c'est le plus courant, no Pb :8

je vois pas comment tu as fait pour l'oxygène :chinois:

par contre Diamond c'est joli

ça fait les polyèdres aussi?

c'est un logiciel libre?

faudrait que je m'y mette si oui :D

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