Pour l'instant, le GPU sous linux, c'est le client Windows sous Wine + wrapper CUDA + drivers CUDA linux ... c'est pas supporté nativement.
Concernant le SMP, la couche utilisée (MPI) est gérée directement par le kernel des OS du monde Unix/Linux ... alors que les portages sous Windows sont beaucoup plus boiteux puisque l'OS ne le supporte pas dans son noyau (c'est une couche logicielle supplémentaire).