C'est pas trop le moment de baser son choix sur Folding pour une carte graphique ... les PPD varient à chaque mise à jour des cores chez chaque constructeur ...
Il vaudrait mieux que tu la choisisse pour tout ce que tu voudra faire autour, sachant que les deux seront capables de plier (théoriquement à peu près à performance identique) ... personnellement je préfère ATI, je trouve leurs cartes plus fiables, et les couleurs mieux rendues en jeu (trop clair sur NV) ... et puis les pilotes ATI, ca fait bien longtemps qu'ils fonctionnent bien (et au moins, c'est facile de se repérer dans leur numero de version). Après, si tu es plus fan de NV, libre à toi de la préférer
En ce moment, j'ai des ATI poru jouer et plier, et mes machines dédiées au pliage utilisent des NV ... mais tout peut changer (et mon coeur d'ATI fan me pousse à l'espérer) dans les semaines à venir : NV vient de sortir CUDA 2.1 (drivers 180.60 et suivants), mais ATI va sortir une nouvelle version de CAL/Brooks+ en décembre (avec les drivers 8.12).