Pourquoi n'y a-t-il pas Mac OS aussi dans votre raisonnement?
D'un point de vue théorique, il est ce que vous souhaitez faire (j'ai bien dit en théorie), un noyau plus stable que le noyeau NT, dérivé de UNIX, de l'interface graphique à tout va, mais toujours la possibilité de modifier du fichier de conf au terminal si le coeur nous en dit. Même leur version serveur est graphique même si on l'admin a distance.
Pour les applis, chacune est un dossier qui comporte ses propres libs.
C'est comme l'as dit Fabien29200 "ajouter le luxe à la sportive"
(ceci n'est pas l'apologie de Mac OS, mais une réponse à certaines de vos interrogation).
Je rejoins sinon les commentaires du dessus, en vous encourageant à ne pas partir de zéro, soit en partant d'une distrib linux, ou alors de vous ajouter à un projet préexistant.