ok j'ai reglé le probleme.
1 ca sert à rien de garder le fichier work. le boulot est perdu.
2 en reinstallant le pack (merci rom41 ), 2 choses, ne pas repondre non a toutes les questions de la console, car une demande sert a se mettre en service (donc besoin de rien d'autre ), remplacer la version de emiii par la 303 .
3 je sais pas si ca y fait, mais dans emiii j'ai laisse coche l'option de demarage et cacher.
4 ca marche
un petit doute quand a la .dat des proteines, le dossier est vide. J'ai colle le dernier .dat, mais je crois qu'il faut attendre la fin du pliage + 30 seconde, pour que ca le prenne en compte (lu quelque par, mais je sais plus trop ou, peut etre sur l'alliance, ou sur emiii).
voila
et merci pour l'aide de tous.