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Messages posté(e)s par toTOW

    Folding@home: la Team INpact qui guérit la planète

    dans Débats et Discussions

    Posté(e) · Modifié par toTOW

    Ca y'est, les projets sont distribués à tous !

    Petit rappel pour être sûr d'en avoir : c'est du GPU et vous devez choisir la Cause "Any".

    Le serveur qui distribue ces projets en chie face à la demande ...

    Pour les linuxiens, un workaround pour faire marcher FAHControl (seul FAHClient est indispensable) : installer Python2 manuellement et faire cette bidouille https://foldingforum.org/viewtopic.php?p=310609#p310609

    Sinon, on peut toujours régler le client avec le fichier de config et Webcontrol ... ou contrôler le client avec une machine distante.

    Folding@home: la Team INpact qui guérit la planète

    dans Débats et Discussions

    Posté(e) · Modifié par toTOW

    C'est parti, les projets arrivent en bêta. Si tout va bien, ils seront distribués à tous dès demain !
     
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    Merci à tous pour votre patience pendant que nous avons passé une semaine à décider comment utiliser au mieux la puissance supplémentaire exceptionnelle que nous avons obtenue de vous tous qui souhaitez aider dans la lutte contre le coronavirus. Nous nous somme concentrés sur 6 projets actuellement et il y a beaucoup de nouvelles données biochimiques à venir avec lesquelles nous allons probablement préparer de nouveaux projets.

     

    Voici de courtes descriptions des projet. Merci de nous laisser quelques jours de plus afin de vous concocter un post complet sur le blog décrivant ce que nous espérons atteindre avec ces projets. En général, nous recherchons des conformations alternatives et des poches cachées dans les cibles de médicaments les plus prometteurs, ce qui ne peut se voir qu’en simulation et non dans les modèles statiques (note aux spécialistes, le texte original : static crystal / cryo-EM structures). Il y des données très récentes issues des dépistages maintenant disponible pour certaines d’entre elles (note : les cibles de médicaments) que nous utiliserons pour valider les simulations et aider au dépistage direct. La collecte d’un maximum de données aussi rapidement que possible sera crucial, merci encore à vous tous de rendre ceci possible !

     


    Tous les projets utilisent le nouveau core GPU OpenMM 22.

    • 11741: domaine de liaison au récepteur du coronavirus SARS-CoV-2 (causant le virus COVID-19) en complexe avec le récepteur humain ACE2. atomes: 165550, crédit: 15396
    • 11742: protéase du coronavirus SARS-CoV-2 (causant le virus COVID-19) en complexe avec un inhibiteur. atomes: 62227, crédit: 9405
    • 11743: protéase du coronavirus SARS-CoV-2 (causant le virus COVID-19) - cible médicamenteuse potentielle. atomes: 62180, crédit: 9405
    • 11744: domaine de liaison au récepteur du coronavirus SARS-CoV (virus provoquant le SRAS) piégé par un anticorps SARS-CoV S230. atomes: 109578, crédit: 7608
    • 11745: domaine de liaison au récepteur du coronavirus SARS-CoV (virus provoquant le SRAS) muté en SARS-CoV-2 (virus provoquant COVID-19) piégé par un anticorps SARS-CoV S230. atomes: 110370, crédit: 7685
    • 11746: domaine de liaison au récepteur du coronavirus SARS-CoV-2 (causant le virus COVID-19) en complexe avec le récepteur humain ACE2 (structure alternative à 11741). atomes: 182699, crédit: 16615
    Si vous voyez des erreurs de traduction ou que vous avez de meilleures formulations à proposer, n'hésitez pas ! 🙂

    Folding@home: la Team INpact qui guérit la planète

    dans Débats et Discussions

    Posté(e)

    En cette période de crise du Coronavirus, il est temps de relancer cette belle mini-team [Inpact] ... Pourquoi ? Tout simplement car vous pouvez apporter votre contribution, Folding@Home ayant annoncé participer à la lutte contre le coronavirus (Covid-19) ! L'annonce officielle est ici (en anglais) : https://foldingathome.org/2020/02/27/foldinghome-takes-up-the-fight-against-covid-19-2019-ncov/

    Pour résumer, les simulations engagées ont deux objectifs :

    • étudier comment le virus infecte les cellules cibles afin de comprendre l'épidémie et diminuer sa propagation
    • déterminer des sites propices aux liens avec des anticorps afin d'optimiser le développement et l'efficacité du vaccin

    Le premier post étant un peu obsolète, voici un condensé de la procédure pour participer à l'aventure, avec des liens mis à jour.

    Tout d'abord, rendez vous sur https://foldingathome.org/start-folding/ pour télécharger le client. Si le site est un peu surchargé suite à l'engouement actuel et que vous ne voyez pas apparaitre de lien, vous pouvez télécharger manuellement le client qui correspond à votre système en passant par ce lien : https://download.foldingathome.org/releases/public/release/ (pour Windows ou OSX, prenez directement le "fah-installer", pour Linux vous aurez besoin des package séparés "fahclient" et "fahcontrol").

    Une fois en possession du client, installez le et configurez votre identité comme ceci :

    • Username : choisissez en un de la forme [Inpact]_Username pour être automatiquement intégré à la mini-team [Inpact] !
    • Team Number : 51
    • Passkey : la passkey est facultative, mais son utilisation permet de bénéficier du bonus de points sur la rapidité de retour des résultats. Vous pouvez en générer une ici : https://apps.foldingathome.org/getpasskey

    Si vous avez déjà participé par le passé, il est possible de reprendre où vous en étiez en utilisant le même Username. De même pour la passkey, utiliser la même combinaison Username/Email vous permettra de retrouver la votre.

    Pour toute question, besoin de support, conseils d'optimisation, ... n'hésitez pas à participer à ce sujet ou à venir faire un coucou à l'Alliance Francophone : https://forum.alliancefrancophone.org/

    • Merci 1

    World community grid Team Next-INpact

    dans Débats et Discussions

    Posté(e) · Modifié par toTOW

    Heu tu es sûr ? Si je trie par credit moyen je trouve 19 membres actifs. Ca me parait d'autant plus bizarre que je me retrouve en tete de liste avec 71.417 loin devant Percubabs, 5eme avec 2.030 malgré ses 18 million de credit... Si quelqu'un peut m'expliquer ca...

    Et oui, beaucoup se sont mis à plier quelques jours ou quelques semaines, et ont abandonné :craint:

    Espérons qu'avec les températures qui vont arriver d'ici 1-2 mois, nous verrons le retour de quelques membres !

    C'est malheureusement un fléau, quel que soit le projet de calcul distribué :craint:

    Folding@home: la Team INpact qui guérit la planète

    dans Débats et Discussions

    Posté(e) · Modifié par toTOW

    ca a pas fait grand chose. Je fais toujours autant de WU avec autant de machine mais les point sont passés de 60000/semaine a 15000/semaine

    Il faut faire 10 WUs avec la passkey pour que le bonus commence à fonctionner. Et il faut garder une taux de réussite des WUs dans la deadline de plus de 80% pour le conserver.

    Dites, ça vaut le coup de laisser tourner F@H sur une machine avec un tout petit APU (voir Signature), ou il faudra que j'attende 2 semaines pour faire la moindre WU ?

    Les 400 Watts en charge de la machine principale H24 j'peut pas trop me le permettre (Même si après un rapide test elle tape les 9000 PPD :transpi:)

    Edit : visiblement le GPU demande 2,5 jours pour faire une WU à 194 points... YOUPI ! Le CPU est sur une WU a 2224 points, mais après 1h elle n'a pas dépassé le premier %, je la sens mal la cascade :mdr:

    Tu peux pour aider, mais pour faire du point y'a pas de secrets, faut un gros GPU ou un CPU avec des cores (en dessous de 4 c'est pas trop la peine) et/ou une haute fréquence. Et aussi respecter la règle dictée au dessus pour kenny (et ne pas oublier sa passkey).

    La basse conso est malheureusement toujours incompatible avec la performance brute ... :craint:

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